Los pipiles poblaron la mayor parte del territorio salvadoreño hasta el río Lempa en el oriente del país, pero mantenían influencia sobre los otros pueblos indígenas (lencas, cacaoperas, chortis, pocomamen, xincas, etc.) por lo que su influencia lingüística y cultural se encuentra prácticamente en todo el territorio nacional, incluso en las zonas que estaban pobladas pueblos de diferente origen étnico.

En el resto de Centro América hubo asentamientos pipiles en la zona pacífica de Guatemala y Nicaragua (los pipil-nicarao). Actualmente, descendientes pipiles se encuentran esparcidos en el occidente del país, especialmente en el departamento de Sonsonate, en donde todavía se encuentran hablantes de náhuat/pipil6 y en Ahuachapán. En San Salvador, aún hay presencia indígena visible en el municipio de Panchimalco, en donde algunas de las mujeres pipiles del pueblo, conocidas como “panchas”, aún portan el refajo (Lemus, 2010).

El pueblo pipil es un grupo indígena descendiente de emigrantes nahuas que llegaron a Centroamérica en diversas olas migratorias entre los años 800 y 1300 d.C., aproximadamente (ver Fowler 1989, Lemus 2004). En El Salvador, estos grupos poblaron el occidente y el centro del país, en donde desarrollaron una cultura propia y se convirtieron en la cultura dominante de la región. Su idioma, el pipil o náhuat, es la única lengua indígena que aún se habla en El Salvador. Lemus, (2010).

Pedro de Alvarado fue estratégico al establecer nuevas alianzas con los nativos. Los pueblos indígenas que se enlistaron en su ejército provenían de los principales reinos y etnias del centro de México: mexicas, tlapanecas, acolhuas, huezotzincas y tlaxcaltecas. Asimismo, se les sumarían otros grupos que se encontraban en la ruta a seguir por Alvarado, entre ellos mixtecas y zapotecas de Oaxaca. Cuando llegaron a Guatemala, se enlistaron aproximadamente mil kaqchikeles, quienes eran enemigos tradicionales de los pipiles. Los tlaxcaltecas encontraron en los españoles a unos aliados para batallar contra sus enemigos letales, los aztecas.

Alvarado utilizó exitosamente una táctica española frecuente para fragmentar y ganar provincias nativas, que radicaba en conquistar a los enemigos de los grupos que se manifestaban amistosos hacia los castellanos. Los kaqchikeles ayudaron por un tiempo a los españoles en la conquista de sus antiguos enemigos, los quichés. Otra expresión de esa táctica fue la decisión de Alvarado de avanzar, comenzando en el capital kaqchikel, para ir sobre otros de sus enemigos habituales, los pipiles de Izcuintepeque y Cuscatlán, y de esta manera extender su poder para instaurar derecho prior sobre una mayor cantidad de territorio hacia el sur.

La conquista de Guatemala y Cuscatlán fue una extensión de la conquista de México Tenochtitlán. Hernán Cortés había recibido noticias de los ricos territorios que había más allá de los linderos bajo el control de los aztecas; por ello quiso extender su potestad y dominio. La conquista de Cuscatlán y del resto del territorio del actual El Salvador no fue una acción militar rápida, sino más bien un proceso prolongado, marcado por fracasos para los conquistadores y los conquistados.

Como se ha mencionado, el ejército de Alvarado era una fuerza multiétnica, compuesta por europeos, africanos y diversos pueblos indígenas. El asedio e invasión de Cuscatlán es un episodio de la conquista de Guatemala. Alvarado, al salir de Izcuintepeque (Guatemala), rumbo al sureste en trayectoria a la costa del Pacífico, desarrolló una operación de tierra arrasada, quemando poblados y sometiendo y esclavizando a sus ocupantes.

Al final del período Clásico una serie de fenómenos complejos apuntan a una situación social de evidente dinamismo con alto grado de desintegración, que se vio agravada con guerras internas, cambios climáticos, presión demográfica y competencia entre facciones, entre otros factores.

En el período Posclásico, se registran diversas características que son relacionadas con la llegada de los pipiles de habla náhuat al sureste de Mesoamérica. Los migrantes trajeron sus dioses de origen mexicano, tales como Xipe Tótec, Tlaloc, Quetzalcóatl, Mictlantecuhtli, entre otros. Asimismo el cambio en el patrón de asentamiento y arquitectura se refleja en varios de los sitios arqueológicos del posclásico, como Cihuatán, Las Marías, así como muchos de ellos ubicados en la Costa del Bálsamo, y otros en espacios del actual El Salvador.

El sitio Joya de Cerén nos proporciona una ventana muy clara al pasado prehistórico en la cual podemos apreciar actividades familiares en la frontera del área maya. Es un sitio extraordinariamente bien preservado debido a la repentina deposición de ceniza volcánica. Esta ceniza no permitió a las personas mover artefactos y en gran parte evitó los procesos naturales de descomposición.

Lo que vemos en el sitio es arquitectura doméstica sorprendente y sofisticada. La arquitectura pública era variada y generalmente de construcción muy sólida. Los artefactos dentro de los domicilios impresionan por su abundancia y en muchos casos por su elegancia y belleza. (Sheets, 2013, p.20).

En este período, el valle de Zapotitán fue ocupado consecutivamente a la erupción de la caldera del Ilopango. Se extrapolaron alrededor de 350 sitios arqueológicos para dicho valle. El sitio San Andrés formó su principal centro administrativo y seguramente fue capital regional y centro rector del valle, durante el período Clásico Tardío.

Otras zonas se desarrollaron de forma semejante los sitios Tehuacán (San Vicente), Quelepa (San Miguel) y Los Llanitos (San Miguel). Estos sitios mantuvieron, un contacto comercial más estrecho con la parte central y el Valle de Ulúa en Honduras.

Otro rasgo significativo es el crecimiento de la población, centros monumentales, que incluyen cualidades urbanas: amplias plazas, limitadas por estructuras piramidales, plataformas masivas y amplios territorios, entre otros. En las sociedades estatales, las redes de comercio a larga distancia se desarrollaron mucho más; la religión se institucionalizó para afirmar el poder político - administrativo y la producción de los bienes consiguió agudos niveles de especialización: superiores tallas en piedra, nuevas formas y tonos cerámicos, que proponen una incuestionable interpretación social o religiosa.

La zona maya que abarca Yucatán, Belice, Guatemala y Honduras, se definió durante el período Clásico Temprano (250-600 d.C. fechas para El Salvador) por el surgimiento de ciudades estado y el desarrollo de alianzas de tipo comercial e importante a través de matrimonios pacta dos entre los miembros de la élite de una ciudad estado con otras. En este lapso, se organizó Tazumal en el actual valle de Chalchuapa, una de las zonas arqueológicas más extensas de El Salvador y que por su posición geográfica se constituyó en un gran centro administrativo del occidente del país, vinculado a Kaminaljuyú (Guatemala) y Copán (Honduras).

A finales del período Clásico Temprano, gran parte de las zonas occidental y paracentral del actual El Salvador fueron impactadas por la erupción de la caldera del Ilopango; desolando los actuales departamentos de San Salvador y San Vicente, algunas zonas del departamento de La Libertad, y de forma mínima la zona de Chalchuapa.